Objectives: The significance of microorganisms in root canals with regard to the aetiology of periapical infection and the need for crucial bacteria control during treatment are undeniable. In this study, we re-port and discuss a review of the literature on Microbiological Root Canal Sampling (MRS). The procedure is analyzed in detail, discussing its powers, limitations and the influence of sample collection procedures on the incidence of true and false positive results. Data sources: MEDLINE/PUBMED, B-On and library files of Oporto University were accessed. Selection: Papers were selected using the keywords: “root ca¬nal sampling”; “apical periodontitis”; “endodontic pathogens”; “root canal infection”; “Culture”; “molecular biology”. The references were selected under inclusion criteria such as English language, accessibility, rel¬evance to the theme and scientific rigor. Conclusions: This review illustrated the absolute need to adhere to strict methodology procedures if valid samples are to be obtained. A combination of Culture and molecular identification approaches have confirmed the polymicrobial nature of endodontic infections with a pre¬dominance of anaerobic bacteria. Nucleic acid-based techniques provide significant additional information particularly regarding the not-yet-cultivable species of the microbial community, but greatly increase the budget of the procedure. Thus, assessment of the endodontic microflora, in the context of a polymicro¬bial biofilm ecosystem, and its relevance to endodontic treatments must rely in the complementariness of Culture and Metagenomics approaches as they are neither mutually exclusive nor competitive, but strongly complementary.

Objectivos: A importância de microrganismos em canais radiculares no que diz respeito à etiologia da infe-ção periapical e a necessidade de controlar bactérias durante o tratamento são incontestáveis. Neste estudo, relata-se e discute-se uma revisão da literatura sobre a amostragem microbiológica de canal radicular. O pro¬cedimento é analisado em detalhes, discutindo suas atribuições, limitações e influência de procedimentos de coleta de amostra sobre a incidência de verdadeiros e falsos resultados positivos. Fontes de dados: Foram usados MEDLINE/PubMed, B-On e arquivos da biblioteca da Universidade do Porto. Seleção: Os trabalhos foram selecionados utilizando as palavras-chave: “root canal sampling”; “apical periodontitis”; “endodontic pathogens”; “root canal infection”; “Culture”; “molecular biology”. As referências foram selecionadas de acor¬do com critérios de inclusão como o idioma inglês, acessibilidade, relevância para o tema e rigor científico. Conclusões: Esta revisão ilustrou a absoluta necessidade de aderir aos procedimentos metodológicos rigo¬rosos se se pretende obter amostras válidas para análise. Uma combinação de cultura e abordagens de iden¬tificação molecular confirmaram a natureza polimicrobiana das infeções endodônticas com predominância de bactérias anaeróbias. Técnicas baseadas em ácidos nucleicos fornecem informação adicional significativa, particularmente em relação às espécies não cultiváveis da comunidade microbiana, mas aumentam muito o orçamento do procedimento. Assim, a avaliação da microflora endodôntica, no contexto de um ecossistema polimicrobiano em biofilme, e sua relevância para tratamentos endodônticos devem confiar na complementa¬ridade entre a abordagem de cultura e de metagenômica, pois não são mutuamente exclusivas nem competiti¬vas, mas fortemente complementares.